不純凈的氣體作載氣，可導致氣相色譜儀柱失效，樣品變化，氫焰色譜可導致基流噪音增大，熱導色譜可導致鑒定器線性變劣等，所以氣相色譜儀載氣必須經過凈化。例如載氣中如果含有雜質，可能會污染系統，或在系統中沉積，影響儀器壽命，同時氣相色譜儀還可能產生鬼峰等。
氣相色譜儀產生故障的可能原因及排除方法：
a. 掃描速度太低，致使每個色譜峰的掃描次數不夠，排除方法是提高氣相色譜儀掃描速度，盡可能使每個色譜峰的掃描次數大于6次；
b. 氣相色譜儀色譜峰太窄，排除方法是改變色譜條件；
c. 氣相色譜儀調諧未達到最佳狀態，排除方法是重新調諧質譜儀；

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